Жива демонстраціяLive demonstrationLive-Demonstration

Той самий пайплайн на відкритому прикладіThe same pipeline, on a public exampleDieselbe Pipeline, an einem öffentlichen Beispiel

Нижче — справжні прогони нашого інструменту (не наші закриті речовини, а три нейтральні навчальні приклади: відомі препарати проти їхніх же мішеней), з реальними логами й таймінгами. Це не імітація — це той самий код, що рахував Фазу 2. Для кожного прикладу PDB-структура містить со-кристалізовану ту саму молекулу — тобто це ще й «redocking»-перевірка: чи знаходить наш пайплайн позу, близьку до експериментальної. Below are real runs of our actual tool (not our confidential compounds — three neutral textbook examples: well-known drugs against their own targets), with real logs and timings. This isn't a mockup — it's the same code that produced Phase 2. For each example, the PDB structure has the same molecule co-crystallized — so this doubles as a redocking check: does our pipeline find a pose close to the experimental one? Unten sehen Sie echte Läufe unseres tatsächlichen Tools (nicht unsere vertraulichen Substanzen — drei neutrale Lehrbuchbeispiele: bekannte Wirkstoffe gegen ihre eigenen Zielproteine), mit echten Logs und Zeitmessungen. Das ist keine Simulation — es ist derselbe Code, der Phase 2 berechnet hat. Für jedes Beispiel enthält die PDB-Struktur dasselbe Molekül co-kristallisiert — das ist zugleich ein Redocking-Test: Findet unsere Pipeline eine Pose nahe der experimentellen?

rasayana-lab — demo_run.py
Ligand in the target binding site

РезультатResultErgebnis

−5.79 kcal/mol
Molecule
Caffeine (PubChem CID 2519)
Target
Adenosine A2A receptor (PDB 3EML)
MW / LogP
194.19 / −1.03
TPSA
61.82 Ų
Час розрахунку
Compute time
Rechenzeit
~9.6s

Як це працюєHow this worksWie das funktioniert

Один і той самий інструмент — будь-яка пара молекула-мішеньOne tool, any molecule-target pairEin Werkzeug — jedes Molekül-Zielprotein-Paar

01

Молекула з PubChem: SMILES, формула, вагаMolecule from PubChem: SMILES, formula, weightMolekül aus PubChem: SMILES, Formel, Gewicht

02

3D-структура білка з RCSB PDB3D protein structure from RCSB PDB3D-Proteinstruktur aus der RCSB PDB

03

AutoDock Vina: реальна фізика зв'язуванняAutoDock Vina: real binding physicsAutoDock Vina: reale Bindungsphysik

04

3D-візуалізація пози в кишені білка3D visualization of the pose in the pocket3D-Visualisierung der Pose in der Bindetasche

У Фазі 2 цей самий пайплайн відпрацював 18 разів поспіль без ручного втручання — на трьох реальних кандидатах проти шести мішеней. Повні дані того прогону — у закритому розділі для інвесторів. In Phase 2, this exact pipeline ran 18 times in a row without manual intervention — on three real candidates against six targets. The full results of that run live in the investor-only section. In Phase 2 lief genau diese Pipeline 18 Mal hintereinander ohne manuellen Eingriff — an drei realen Kandidaten gegen sechs Zielproteine. Die vollständigen Ergebnisse dieses Laufs finden Sie im investorenexklusiven Bereich.

Інструмент докінгуDocking engineDocking-Engine

Розрахунки виконує AutoDock Vina — відкритий (open-source) інструмент молекулярного докінгу, розроблений у Scripps Research (лабораторія Forli). Це один із найпоширеніших докінг-рушіїв у фармацевтичній та академічній індустрії, з тисячами цитувань у наукових публікаціях. Ми запускаємо офіційний бінарник локально, без сторонніх SaaS чи "чорних скриньок" — весь код пайплайна навколо Vina (підготовка молекул через RDKit/meeko, візуалізація через py3Dmol) також можна показати за запитом. The calculations are performed by AutoDock Vina — an open-source molecular docking engine developed at Scripps Research (Forli Lab). It's one of the most widely used docking engines in pharmaceutical and academic drug discovery, with thousands of citations in the scientific literature. We run the official binary locally — no third-party SaaS or black boxes — the surrounding pipeline code (molecule prep via RDKit/meeko, visualization via py3Dmol) can also be shown on request. Die Berechnungen führt AutoDock Vina durch — ein Open-Source-Werkzeug für molekulares Docking, entwickelt bei Scripps Research (Forli Lab). Es ist eine der meistgenutzten Docking-Engines in der pharmazeutischen und akademischen Wirkstoffforschung, mit tausenden Zitierungen in der Fachliteratur. Wir betreiben die offizielle Binärdatei lokal — ohne Drittanbieter-SaaS oder Blackbox-Lösungen — der umgebende Pipeline-Code (Molekülvorbereitung via RDKit/meeko, Visualisierung via py3Dmol) kann auf Anfrage ebenfalls gezeigt werden.

Eberhardt, J., Santos-Martins, D., Tillack, A.F., Forli, S. (2021). AutoDock Vina 1.2.0: New Docking Methods, Expanded Force Field, and Python Bindings. Journal of Chemical Information and Modeling, 61(8), 3891–3898.